El primer administrador del plantel fue el señor DARIO GUTIERREZ.

El nombre que en la actualidad tiene la Institución fué establecido posteriormente por la Gobernación del Valle, asignando al Colegio del Barrio “Cristóbal Colón”, el nombre de “JOAQUIN DE CAYZEDO Y CUERO”, en memoria del ilustre Presidente de la Junta del Cantón de Buga y que el 3 de Julio de 1810, fuera el primero en proclamar la independencia; mediante decreto No. 0263 de marzo 8 de 1965, siendo Gobernador el Dr. Humberto González Narváez y secretario de Educación Departamental, el Dr. Luis Enrique Borrero.

En 1966, mediante Decreto No. 0406 de abil 8 del mismo año, el colegio consiguió su independencia del Politecnico Municipal, siendo designado como Rector del Colegio el Señor HUGO ARROYO, quien con sus compañeros de labor se empeñaron en la organización, disciplina y parte académica del Centro Educativo.

En el año de 1968 fue el nuevo Rector, señor LUIS ARNOLDO LEON OSPINA, durante cuya administración se construyó la sede central del colegio. El Colegio egresó los primeros alumnos del cuarto (4º) de bachillerato.

En el año de 1974, el colegio egresó los primeros bachilleres. En este mismo año fue nombrado Rector del Colegio el señor NELSON FRANCO.

Se creó una satélite en Meléndez, sección experimental a cargo de la Universidad del Valle y egresó 4 promociones de bachilleres. En la escuela HONORIO VILLEGAS, del Barrio “El Dorado” empezó a funcionar otra sección, la cual más tarde se trasladó a la Escuela CAMILO TORRES, en la Carrera 24 # 10-A-98, donde actualmente funciona la sección Comercial en dos jornadas: mañana y tarde. En el local de la sección central funcionan dos jornadas: de la mañana y de la tarde.

El 24 de agosto de 1992, el Señor JAIME GORDILLO VARGAS, llegó al Colegio nombrado Rector, se presentó ante la comunidad del Colegio, esbozó su programa de trabajo y empezó a laborar.

En el año 1999 se fusionó la escuela Camilo Torres con la sede Central de la Institución, unificando su proyecto Educativo institucional.
En enero del año 2002 es encargada de la Rectoría la Magíster LUZ MERY ABELLA GÓMEZ, quien labora en el mismo cargo hasta la fecha.

En el año 2001, la sede Central de la Institución sufrió una deflexión de la losa y a través del Ministerio de Educación Nacional se gestionó y logró realizar la obra de reparación y reforzamiento estructural según Norma NSR 98 de esta sede. Proceso que duró dos años durante los cuales los estudiantes de esa sede fueron reubicados en convenio con la Gobernación del Valle y la Universidad Santiago de Cali en las instalaciones del Colegio Cousaca en Pance (año 2001-2002) y durante el año lectivo 2002-2003 en la escuela San Roque, General Carlos Albán y Central Tecnológica San Roque. Durante este año la Secretaría de Educación Departamental, fusionó los centros educativos mencionados con el Colegio Joaquín de Cayzedo y Cuero y con el Satélite ( antes Centro Docente Camilo Torres) convirtiéndose mediante Resolución Nº..........de septiembre de 2002 en INSTITUCIÓN EDUCATIVA JOAQUIN DE CAYZEDO Y CUERO que ofrece los niveles de Preescolar, Básica Primaria y Secundaria y Media Académica y Técnica.

El 14 de febrero del año 2005, el señor Olmer Gallego fué designado Rector de la Institución, con un compromiso primordial, "Rescatar y posicionar la imagen y prestigio de la Institución frente a la comunidad caleña".